Рельеф
Составляющими рельефа района являются: холмисто-котловинные комплексы, волнистые и полого-холмистые равнины, плоские равнины и впадины, болота.
Гидрография
Основные реки — Талица, Висечь, Жизца, Морята, Кунья (приток Ловати). На юго-востоке район выходит к Западной Двине. Наиболее крупные озера — Жижицкое (51,3 км2), Двинье (31,1 км2), Велинское (21,2 км2), Усмынское, Кодосно, Озерон, Ордосно.
Почвы
Куньинский район относится к подзоне дерново-подзолистых почв под смешанными лесами. Почвы района по сравнению с другими районами России молоды. Их формирование началось после отступления ледника 10 — 12 тыс. лет назад. Зональными почвами являются подзолистые и дерново-подзолистые. Подзолистые почвы имеют низкое естественное плодородие, но при внесении удобрений являются благоприятными для возделывания зерновых и картофеля. Этот тип почв распространен преимущественно на юге и востоке района на Жижицко-Двинской и Усмынской равнинах. Этот тип почв занимает около 1/3 района. Также 1/3 площади района занимают дерново-подзолистые суглинистые почвы под смешанными лесами. Они богаче питательными веществами, лучше их сохраняют. Эти почвы соответствуют участкам Вепсовской и Едровской морен. 1/4 площади района занимают почвы переувлажненных территорий, имеющие низкое плодородие. Особенно много их на Усмынской равнине, вокруг Велинского озера, на крайнем севере района и вокруг зарастающих малых озер. Самый большой болотный массив тянется на 13 км. вдоль западного берега Велинского озера между деревнями Люткино и Борок. Пойменные почвы занимают небольшие участки, ввиду неразвитости речных долин и их малых размеров, но имеются у всех рек. Они являются лучшими сенокосными и пастбищными угодьями, поэтому давно расчищены и используются человеком длительное время. Больше всего их в долине р.Кунья в районе деревень Пески, Мокрики, Ущицы, Дохино. К сожалению, многие богатые сенокосы на поймах рек Кунья, Лусня, Морята (в районе деревень Стишково, Кожино, Шишкино), Висечь (в районе деревень Михайловское, Монистрово), Нудыш, Черность, Усвяча, Западная Двина полностью закустарены и утрачены.
Климат
Климат Куньинского района умеренно-континентальный. Среднегодовая температура +5 градусов, среднегодовое количество осадков около 700 мм. и немного больше на востоке района (Воробьевы горы). Средняя температура июля +17 градусов, января — 8. Сумма годовых температур свыше +10 градусов — 1850-1900, что позволяет выращивать большинство культур умеренного пояса. Снежный покров держится в течение 125-130 дней с начала декабря по март. На востоке района он мощнее и лежит дольше. Наибольшая продолжительность солнечного сияния летом 20 — 25 дней в месяц, наименьшая зимой — от 3 до 5 дней. Продолжительность безморозного периода около 140 дней. За год проходит около 130 циклонов. Тогда устанавливается облачная, ветреная, дождливая погода. Антициклонов значительно меньше — около 50 за год. В этот период наблюдается сухая, ясная погода, жаркая летом, морозная зимой. Наиболее часты антициклоны весной и в сентябре, циклоны поздней осенью. В течение года преобладают южные и юго-западные ветры (16 — 21%), а также юго-восточные и западные (12 — 16%). Весной бывают возвраты холодов при цветении черемухи и сирени. Зимой антициклональный тип погоды устанавливает северо-восточные ветры из Арктики. Температуры, особенно ночные, понижаются до — 28 градусов.
Минерально-сырьевые ресурсы
Район обладает запасами торфа, сапропеля, строительного песка, гравия, глины легкоплавкой.